在第一季的最后一集，当迈克（温特沃思·米勒饰）和林肯（多米尼克·珀塞尔饰）跑到黑手党老大阿布鲁齐派来的飞机停放的地方，飞行员因为安全问题没有等他们就离开了。越狱犯只能望天叹息，于是开始了自己的越狱生涯。马宏是联邦调查局追捕逃犯的高级特工，在副总统的授权下成为抓捕小组的负责人。他决定一个一个地打击。另一方面，莎拉的父亲因为林肯案被谋杀了。她开始相信迈克，从她父亲的遗骸中得到线索。副总统的下属凯勒曼去抓林肯的儿子LJ。当他准备把他作为人质时，他杀死了LJ的家人，但LJ意外逃脱。她一直在帮助林肯的律师掌握越来越多的线索所有的阴谋似乎都在慢慢地被解开。